Sinh ngày 18 tháng 1 năm 1979 tại Bệnh viện Rotunda ở Quảng trường Parnell, Dublin, Varadkar là con trai duy nhất của Ashok Varadkar và Miriam (nhũ danh Howell). Cha ông sinh ra ở Bombay, Ấn Độ và chuyển đến Anh quốc vào những năm 1960 để làm một bác sĩ.[6] Mẹ của ông, sinh ra ở Dungarvan, đã gặp người chồng tương lai của mình trong khi làm việc y tá tại Slough. Họ sống cùng nhau ở Leicester, nơi mà người con cả của ba đứa con của họ, Sophie, được sinh ra. Gia đình chuyển đến Ấn Độ, trước khi định cư tại Dublin vào năm 1973, nơi đứa con thứ hai, Sonia, ra đời. Sinh ra với một người cha Hindu và mẹ Công giáo, cha mẹ của ông đã đồng ý nuôi dạy anh theo đức tin Công giáo.[7]

Varadkar học tại Trường Quốc gia St Francis Xavier, Blanchardstown. Giáo dục bậc trung học của ông đã diễn ra ở Palmerstown tại Bệnh viện King's, một trường học trả phí hoạt động theo phong cách của Giáo hội Ireland. Trong thời gian học trung học, anh gia nhập Fine Gael. Anh được nhận vào trường Cao đẳng Trinity, Dublin (TCD), nơi ông nghiên cứu một thời gian ngắn. Sau đó ông chuyển sang dùng thuốc. Tại TCD, ông đã hoạt động trong Young Fine Gael và từng giữ chức vụ phó chủ tịch thanh niên của Đảng Nhân dân Châu Âu, thanh niên của đảng Dân chủ Thiên chúa giáo.[8]

Ông đã được chọn cho Chương trình Washington Ireland danh giá, chuẩn bị cho những người trẻ tuổi đầy tham vọng về vai trò lãnh đạo trong tương lai. Ông tốt nghiệp trường y khoa năm 2003 và trải qua nhiều năm làm bác sĩ ở bệnh viện St James và bệnh viện Connolly trước khi trở thành bác sĩ đa khoa vào năm 2010.